Rahmen, Zahlen und Kriterien für die endgültige Beraubung und den Abtransport der Juden werden reichsweit von Berlin aus festgesetzt. Organisation und Durchführung liegen in der Hand der regionalen Gestapo-Stellen, für Franken also der Gestapostelle in Nürnberg-Fürth.
Die Würzburger Gestapo arbeitet in deren Auftrag und führt unter Leitung von Michael Völkl, dem „Eichmann Unterfrankens“, die Deportationen durch. Die Zahlen für die einzelnen Transporte werden in Nürnberg frankenweit aufeinander abgestimmt.
Als erste Gruppe ist der arbeitsfähige Teil der jüdischen Bevölkerung mit Familien von den Transporten betroffen; es folgen alte und kranke Menschen, dann die Funktionsträger der jüdischen Gemeinde Würzburg und schließlich noch wenige „Mischehepartner“. Die Betroffenen und die Öffentlichkeit sollen glauben, dass die Deportierten zur Arbeit eingesetzt werden oder in ein großes Altersheim kommen.
Nach den Zahlenvorgaben aus Nürnberg und diesen Kriterien werden in Würzburg die Deportationslisten zusammengestellt – bei der 1. und ab der 6. Deportation überwiegend durch die Gestapo, für die 2.-5. weitgehend durch die jüdische Selbstverwaltung. Denn die jüdische Gemeinde wird gezwungen, an der Vorbereitung der Deportationen mitzuwirken.
Das akribische bürokratische Vorgehen dient dazu, den Opfern Rechtmäßigkeit vorzuspiegeln und das Vetrauen in die Berechtigung der Maßnahmen aufrecht zu erhalten.
