Mit den zwei Transporten am 17. Juni 1943 wurden die letzten noch in Unterfranken lebenden Jüdinnen und Juden deportiert. 64 Personen mussten von der Bibrastraße 6 mitten am Tag unter Bewachung zum Hauptbahnhof Würzburg laufen.
Es waren die letzten Juden Unterfrankens. Zurück blieben nur diejenigen, die durch eine Ehe mit einem nichtjüdischen Partner eher geschützt waren. Oder Menschen mit einem nichtjüdischen Elternteil. Seit spätestens 1942 lebten die letzten Jüdinnen und Juden alle in Würzburg, in Sammelquartieren. 1943 waren das die Gebäude der jüdischen Gemeinde in der Bibrastraße 6 und in der Faulenbergstraße auf dem Gelände des jüdischen Friedhofs.
Zur Gruppe der Deportierten gehörten vor allem die letzten Funktionsträger und Mitarbeiter der jüdischen Gemeinde – darunter Eugen Stahl, Iwan Schwab und Johanna Stahl. Sie hatten mit weiteren Personen die vorangegangenen Deportationen mit vorbereiten müssen.
57 Menschen wurden von Würzburg direkt nach Auschwitz deportiert. Die meisten kamen ohne Registrierung wohl direkt in die Gaskammern von Birkenau. Sieben Menschen gelangten von Würzburg in das Ghetto Theresienstadt. Zwei von ihnen starben dort aufgrund der unsäglichen Lebensbedingungen. Vier wurden im Oktober 1944 weiter nach Auschwitz deportiert und kurz nach ihrer Ankunft ermordet. Eine Frau überlebte die Deportation nach Theresienstadt und kehrte nach Würzburg zurück.
Nach den Transporten vom 17. Juni 1943 erklärten die Nationalsozialisten Unterfranken für „judenfrei“. Doch ihr Plan, jüdisches Leben in Unterfranken komplett zu vernichten, ging nicht auf. Schon im November 1945 gründete sich die Jüdische Gemeinde erneut, die es bis heute gibt.